In den letzten Tagen des Zweiten Weltkriegs fiel die dreischiffige Basilika einem Bombenhagel zum Opfer. Auch von dem angeschlossenen, ehemaligen Kloster, seit dem 16. Jahrhundert als Gymnasium genutzt, blieb keine Spur. Einzig erhalten sind Teile der Westfassade und des Langhauses. 

Da die Mauern stark einsturzgefährdet waren, bot die Cornelsen Kulturstiftung an, mit 300.000 Euro die Hälfte der Restaurierungskosten zu übernehmen. Heute ist die Ruine nicht nur zeitgeschichtliches Denkmal, sondern auch seltenes Zeugnis frühgotischen Backsteinbaus in Berlins historischer Mitte.