Die eingebaute Orgel nutzte die ideale Akustik der Basilika und gab den Blick frei auf die bunt verglaste Fensterrose. In den folgenden Jahrhunderten wurde die Orgel so oft umgebaut und erweitert, dass schließlich nicht nur der Kirchenraum verdunkelt war, sondern die unterschiedlichen Register keinen harmonischen Klang mehr erzeugten.

Mit einer Zuwendung von 510.000 Euro unterstützte die Cornelsen Kulturstiftung die Restaurierung der Orgel, die Friedrich Wilhelm IV. erbauen ließ. Die historischen Pfeifenbestände konnten aufgearbeitet, neu abgestimmt und ergänzt werden. Auch das Rundfenster wurde zurückgewonnen. Die restaurierte Orgel macht die Säulenbasilika heute architektonisch und klanglich wieder als Raum der Romantik erfahrbar.